Construída a partir de 1701 pela Irmandade da NªSª do Rosário dos Homens Pretos, fica na Rua Uruguiana,77.
A Irmandade, criada em 1640, funcionava na Igreja de São Sebastião, no Morro do Castelo. Na mesma época e na mesma igreja funcionava uma confraria de São Benedito, também fundada por negros livres e escravos. Em 1669, a confraria incorporou-se à Irmandade que ficou sendo de Nª Sª do Rosário e de São Benedito dos Homens Pretos e Pardos.
Por volta de 1700, devido a desentendimentos com os padres da Igreja de São Sebastião, a Irmandade retirou daquela igreja a imagem de NªSª, que lhe pertencia, e decidiu construir uma igreja só para ela e para São Benedito. Com o auxilio do governador Luís Vahia Monteiro, o Onça, conseguiu um terreno na Rua da Vala (atual Uruguaiana), à época, os confins da cidade. A construção só foi concluída em 1725.
Em 1733, por causa do mau estado da Igreja de São Sebastião, os cônegos resolveram instalar a sede episcopal na Igreja do Rosário, apesar dos protestos da Irmandade. Os ânimos foram se exaltando, e os conflitos chegaram ao auge em 1808. Logo depois de sua chegada à cidade, a família real foi visitar a igreja, então funcionando como sé. Inconformados porque os cônegos não queriam que os negros e pardos, donos da igreja, participassem da recepção aos nobres, os devotos ocuparam a igreja pouco antes da chegada da família real, que se viu obrigada a passar entre alas de negros e pardos. A demonstração de força fez com que os cônegos transferissem a sé para a Igreja do Carmo, no Largo do Paço (atual Praça XV).
O templo fez muita história. No seu pátio, a partir da segunda metade do séc XVIII, foi permitido aos negros comemorar os festejos populares do Rei do Congo. Foi, por duas vezes sede do Senado da Câmara (1809 a 1822; e de 1822 a 1825). Participou do episódio do Fico, pois foi da igreja que saiu Clemente Pereira conduzindo o pedido, com oito mil assinaturas, para que D. Pedro não retornasse a Portugal como exigiam as Cortes, em Lisboa. Em 1830, quando D. Pedro I legitimou a Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro, ela tinha sua sede no consistório da igreja. A Irmandade participou ativamente do movimento abolicionista.
Ainda no séc XIX a igreja passou por grande reforma, sendo reconstruídas as duas torres, e mantida a portada, de princípios do séc. XVIII. Seu estilo 'maneirista' (tardo-renascentista) difere do barroco que predomina na cidade. Em 26/03/1967, a igreja sofreu grandes danos causados por um incêndio que consumiu todo o seu interior.
Como agremiação de negros e pardos, muitos destacados membros dessa comunidade formaram parte, desde a época colonial, da Irmandade do Rosário e São Benedito, como o escultor e urbanista Valentim da Fonseca e Silva _ o mestre Valentim_ (enterrado na igreja em 1813, e recordado na entrada em uma placa de bronze) e o compositor e regente padre José Maurício Nunes Garcia, que foi diretor musical da igreja (1798-1808), quando ela ainda era a catedral da cidade. Ali funciona, hoje, o Museu do Negro, com peças da época da escravidão e documentos do movimento abolicionista.