A estátua iniciou sua trajetória nos primeiros tempos da Praça Floriano Peixoto, antes mesmo da demolição do Convento da Ajuda, onde foi instalada de frente para o Palácio Monroe. Foi logo transferida para bem longe, devido ao escândalo que causou a existência de um menino nu, e ainda urinando, em plena Praça Floriano. Uma indecência! Acabou no final da praia de Botafogo, no local chamado _até hoje_ Mourisco, graças a um pavilhão em estilo mourisco existente até 1951. «Era um prédio com cinco torres, com bulbos em cima, dourado e marrom, com vitrais coloridos. Apesar do nome Mourisco, era neopersa. Era um restaurante dançante, tendo atrás um teatro de marionetes para crianças. De restaurante, foi tendo várias funções, inclusive biblioteca infantil», explica o historiador Milton Teixeira.
Nas proximidades, já existia a piscina do Botafogo de Futebol e Regatas. Com a conquista do Campeonato Carioca de 1957, a estátua do menino apareceu vestido com a camisa do Botafogo, (dizem que por obra de Didi, que pagava uma promessa feita). A partir daí, tornou-se um símbolo da torcida alvi-negra. Acabou furtado, em 1990, não se sabe se por afronta aos botafoguenses, ou simples vandalismo. Uma nova estátua foi fundida, graças ao fundidor Zani e, em seguida, recolocada no Mourisco. Finalmente, com a recuperação, em 1994, da antiga sede social, foi o Manequinho instalado em frente ao prédio, na Av. Venceslau Brás, 72, onde hoje se encontra.
Há gente que, erradamente, acredita que seja uma réplica do Manneken Pis, pequena estátua existente, em um nicho, numa esquina de Bruxelas (Rue de l'Etuve Rue de Chêne). Mas há diferenças marcantes: com o belga é muito menor (pouco mais que 20cm) e tem uma cabeça enorme, desproporcional ao corpo; o nosso, bem maior (cerca de 1m) tem as proporções de um menino; o belga usa a mão esquerda para orientar o jato, enquanto o nosso está com as duas mãos livres. Manneken Pis significa "pequeno homem urinando", nada tem a ver com o diminutivo de Manoel: Maneco, Manequinho.